Reinhard Bütikofer gehört seit 2009 dem Europäischen Parlament an. Seit 2012 ist er Ko- Vorsitzender der Europäischen Grünen Partei (EGP). Er ist Mitglied des Ausschusses für Auswärtige Angelegenheiten (AFET), in dem er Sprecher der Grünen/EFA Fraktion ist. Er ist stellvertretendes Mitglied des Ausschusses für Internationalen Handel (INTA). Außerdem ist er Vorsitzender der Delegation für die Beziehungen zur Volksrepublik China und ist Mitglied der Delegation für die Beziehungen zu den Vereinigten Staaten und stellvertretendes Mitglied in der ASEAN-Delegation.
Vor seiner Wahl ins Europäische Parlament war Reinhard Bütikofer Ko-Vorsitzender von BÜNDNIS90/DIE GRÜNEN (von 2002 bis 2008) und zuvor deren Geschäftsführer (von 1998 bis 2002). In Baden-Württemberg leitete er als Vorsitzender den Grünen Landesverband und war von 1988 bis 1996 Mitglied des Landtages.
Sein Engagement in der Grünen Partei begann 1984 mit seiner Wahl zum Mitglied des Stadtrates in Heidelberg.
Reinhard Bütikofer ist Mitglied im Europa/Transatlantik-Beirat und in der Mitgliederversammlung der Heinrich-Böll-Stiftung (HBS). Des Weiteren ist er Mitglied des NABU Club, Mitglied der Deutsch-Israelischen Gesellschaft, des Deutsch-Chinesischen Dialog Forums (DCDF) sowie der DGAP und dem IISS.